Зооинженерный факультет РГАУ-МСХА Тимирязева берет начало от созданной в 1865 г. секции животноводства, которая входила в состав сельскохозяйственного отделения Петровской земледельческой и лесной академии. Как отдельный факультет он выделился только в 1934 г. и до 1976 года носил название – зоотехнический. Его первым деканом был профессор Н.И. Денисов. В дальнейшем факультет возглавляли Б.К. Гиндце, Е.Я. Борисенко, А.П. Редькин, В.О. Витт, К.Р. Викторов, В.К. Дыман, Д.П. Крюков, А.И. Николаев, Т.Е. Бурделев, В.И. Георгиевский, А.В. Орлов, В.К. Менькин, В.В. Лавровский, Г.Д. Афанасьев – с 1999 г.
Традиционно на факультете уделялось большое внимание биологической подготовке специалистов. Фундамент такой подготовки закладывался на кафедре зоологии, которую возглавляли выдающиеся зоологи: профессор Я.А. Борзенков, член-корреспондент АН СССР Н.М. Кулагин, профессор Б.А. Кузнецов. Основателем кафедры анатомии животных был известный ученый-анатом, профессор Б.К. Гиндце, по проекту которого был построен 16-й учебный корпус, где и в настоящее время расположена кафедра анатомии, гистологии и эмбриологии животных. Кафедра физиологии была основана в 1868 г. Ее возглавляли крупный электрофизиолог, профессор А.И. Бабухин, автор первого учебника по физиологии с.-х. животных, профессор А.В. Лелонтович, лауреат Государственной премии Российской Федерации в области науки и техники, член-корреспондент РАСХН В.И. Георгиевский, Кафедру генетики и разведения животных возглавляли: профессор Е.А. Богданов, которому установлена мемориальная доска на 9-м учебном корпусе академии, ведущие ученые в области разведения животных профессора Д.А. Кисловский и Е.Я. Борисенко.
Общепрофессиональные дисциплины студенты изучают на кафедрах: генетики и разведения животных, кормления с.-х. животных, на кафедре зоогигиены, акушерства и ветеринарии.
Отличительной особенностью факультета является наличие на нем узкоспециализированных кафедр практически по всем видам животных. Это позволяет готовить зооинженеров по самым различным специализациям. Всего на факультете 14 кафедр. Ни в одном аграрном вузе страны нет отдельных кафедр по коневодству, пчеловодству, аквакультуре, молочному и мясному скотоводству, птицеводству, овцеводству и козоводству, свиноводству. Эти кафедры являются выпускающими по специальности зоотехния и таким специализациям, как коневодство, пчеловодство, рыбоводство, скотоводство и молочное дело, птицеводство, технология производства продукции овцеводства, технология производства продукции свиноводства. Кроме того, по специализациям кинология и зоокультура выпускающей кафедрой является кафедра зоологии. Специализацию генетика и селекция животных ведет кафедра генетики и разведения животных, специализацию кормление животных и технология кормов – кафедра кормления сельскохозяйственных животных.
На факультете студенты получают фундаментальную биологическую подготовку на кафедрах зоологии, анатомии, гистологии и эмбриологии животных, физиологии и биохимии животных. Большой объем знаний дается по химии. Профессиональные знания студенты получают на кафедрах кормления сельскохозяйственных животных, генетики и разведения животных, зоогигиены, акушерства и ветеринарии. Инженерные знания – на кафедре электрификации и автоматизации.
С 2001 г., кроме традиционной для академии специальности – «Зоотехния», на факультете начали подготовку по специальности «Биология». По специальности «Биология» на факультете открыта специализация «Охотоведение», выпускающей кафедрой является кафедра зоологии.
Практическую подготовку студенты зооинженерного факультета получают в учебно-производственных подразделениях факультета. В конно-спортивном комплексе имеется конюшня, где содержатся более 60 лошадей 17 пород и где студенты знакомятся с системами содержания лошадей, особенностями их кормления, тренинга, получают практические навыки работы с лошадьми. Спортсмены-конники совершенствуют свое спортивное мастерство.
При кафедре аквакультуры имеется большая аквариальная, где студенты и аспиранты проводят исследования на аквариумных рыбах и рыбах, имеющих продовольственное значение. Имеется и небольшое учебное прудовое хозяйство с системой рыборазводных прудов. Опытное прудовое хозяйство служит для проведения со студентами занятий по гидробиологии, гидротехнике, студенты, специализирующиеся по рыбоводству проходят практическую подготовку.
При факультете есть и зоостанция, которая объединяет в себе учебный животноводческий комплекс и учебно-опытный птичник. На учебном животноводческом комплексе содержится небольшое стадо крупного рогатого скота черно-пестрой породы с удоем более 6 тыс. кг молока. Там установлено современное доильное оборудование и система машин для первичной переработки молока. На комплексе имеется коллекционное стадо овец и коз разных пород, свиньи породы крупная белая и мини-пиги, кролики. В животноводческом комплексе студенты получают навыки обращения с животными, изучают технику доения коров, осваивают методы бонитировки животных, знакомятся с технологией производства и переработки молока, проводят опыты по кормлению и разведению животных.
В учебно-опытном птичнике содержатся практически все виды сельскохозяйственной птицы: куры, индейки, утки, гуси, перепела, а также фазаны. Ежегодно на птичнике проводятся научные исследования студентами аспирантами и преподавателями кафедры птицеводства и других кафедр факультета. Студенты зооинженерного и других факультетов изучают птицеводство на живых объектах.
Учебная пасека была создана одновременно с Петровской лесной и земледельческой академией в 1865 г. На пасеке создан музей пчеловодства под открытым небом. На ней стоят ульи различных конструкций, в том числе первый улей Прокоповича и улей, разработанный мэром Москвы Ю.М. Лужковым и подаренный им пасеке. Пасека расположена на одной территории с кафедрой пчеловодства, и студенты могут изучать практическое пчеловодство одновременно с теорией.
Наличие хорошей учебно-производственной базы на факультете позволят студентам проводить различные исследования, результаты которых они докладывают на ежегодных конференциях студенческого научного общества. Лучшие доклады публикуются в сборниках студенческих научных работ.
На зооинженерном факультете есть и музеи. Уникальный Музей коневодства, где собраны произведения искусства, посвященные лошади, Государственный музей животноводства им. Е.Ф. Лискуна, Зоологический музей им. Н.И. Кулагина и анатомический музей при кафедре анатомии, гистологии и эмбриологии животных. Музеи активно используются в учебном процессе подготовки зооинженеров и биологов.
Научные исследования преподавателей и научных сотрудников зооинженерного факультета направлены на совершенствование технологии производства продукции животноводства, повышение продуктивности животных, сохранение и создание новых пород сельскохозяйственных животных. Ежегодно на кафедрах факультета обучается более 40 аспирантов.