Музей кафедры анатомии, гистологии и эмбриологии животных был создан в качестве учебно-научного подразделения кафедры с приходом в МСХА в качестве заведующего кафедрой профессора Бориса Константиновича Гиндце (1881-1951) в 1934 г. и первоначально размещался, как и кафедра, в помещениях старой «фермы».
По завершении строительства «Анатомикума» – 16-го учебного корпуса, – возведенного по проекту и под архитектурным руководством Б.К. Гиндце, в 1936 г. музей был размещен в двух этажах здания: на первом этаже – учебная экспозиция, на втором – научная. И та и другая экспозиции постоянно пополнялись за счет работ сотрудников кафедры. Научный анатомический музей обладал богатой коллекцией по строению животных самых разных систематических групп. Здесь были коллекции В.Я. Бровара по аппарату движения в сравнительном и возрастном аспектах, Б.К. Гиндце (доктор биологических наук, 1935 г.; доктор медицинских наук, 1943 г.) – по сосудам головы млекопитающих, головного мозга известных деятелей медицины и биологии, В.И. Ипполитовой – по нервной системе домашних млекопитающих и др. Сюда же влились и анатомические экспонаты из музея Московского зоотехнического института. С передачей помещений второго этажа музею коневодства научная экспозиция была разобрана, размещена на оставшихся площадях кафедры и частично утрачена. В настоящее время часть ее экспонируется в учебном музее. Учебная экспозиция была составлена по системному принципу в соответствии с программой преподаваемых предметов, существует по настоящее время и пополняется лучшими препаратами, изготавливаемыми студентами, лаборантами и преподавателями кафедры.