В 1898 г. ассистентом и заведующим опытным участком кафедры общего и частного земледелия Московского сельскохозяйственного института Дионисием Леопольдовичем Рудзинским была впервые высеяна коллекция сортов основных сельскохозяйственных культур.

Собственно научная селекционная работа и функционирование селекционной станции начались в 1903 г. С момента создания станции селекционная работа развернулась в большом для того времени объеме со многими культурами и быстро дала положительные результаты. Уже в 1906 г. были посеяны первые перспективные сорта, а в 1908 г. на Всероссийской выставке в Петербурге Д.Л. Рудзинскому за проведенную работу и созданные им сорта была присуждена Большая золотая медаль.
Осознавая важность начатой работы, департамент земледелия с 1906 г. стал прикреплять к селекционной станции практикантов для специализации в течение года по селекции сельскохозяйственных растений. Из числа первых практикантов и сотрудников вышла целая плеяда выдающихся, известных всему миру ученых: Н.И. Вавилов, С.И. Жегалов, А.Г. Лорх, Е.Н. Синская и другие.
С 1907 г. на селекционной станции стали проводиться практические занятия со студентами академии. Эта традиция, заложенная основателями научной селекции в Московском сельскохозяйственной институте Д.Л. Рудзинским и С.И. Жегаловым, сохраняется и поныне.
В 1909-1913 гг. селекционная станция при Московском сельскохозяйственном институте укрепила свой статус. Ей был выделен земельный надел, стали отпускаться денежные средства на постройку главного здания и хозяйственных построек, велся отдельный материальный и финансовый баланс, было утверждено расписание должностных обязанностей. За образец организации Д.Л. Рудзинский взял наиболее авторитетную в то время Свалефскую селекционную станцию (Швеция), опыт работы которой он тщательно изучил. В целом, территориально и функционально станция была окончательно оформлена в 1913 г.
С 1 января 1913 г. Д. Л. Рудзинский был официально назначен заведующим окончательно сформировавшейся селекционной станцией Московского сельскохозяйственного института, а С.И. Жегалов – его помощником.
За 20 лет на станции Д.Л. Рудзинским было выведено 13 сортов озимой пшеницы, 11 – овса, 11 – гороха, 18 – картофеля, 1 – льна-долгунца. Для разработки теоретических основ селекции и оценки селекционных образцов им были организованы цитологическая, химическая и мукомольно-хлебопекарная лаборатории.
После Д.Л. Рудзинского селекционную станцию возглавил профессор Сергей Иванович Жегалов. В 1923 г. он организовал новую для академии и единственную в то время в СССР кафедру селекции, ее основной экспериментальной и производственной базой стала селекционная станция. С этого времени кафедра стала осуществлять научное руководство деятельностью селекционной станции, а заведующий кафедрой являлся ее научным руководителем.
Селекционная станция явилась базой, на основе которой были организованы С.И. Жегаловым Грибовская селекционная станция (ныне ВНИИ селекции и семеноводства овощных культур) и П.И. Лисицыным – Московский сельскохозяйственный центр (ныне Научно-исследовательский институт сельского хозяйства Центральных районов Нечерноземной зоны – НИИСХ ЦРНЗ).
В 1931 г. в связи с передачей ее штатов, материалов и оборудования в состав Московского селекционного центра станция была закрыта.
При Полевой опытной станции академии был организован селекционный отдел, который был оформлен и официально утвержден соответствующими решениями в 1940 г. Заведующим отделом селекции стал В.Н. Хохлов. В 1947 г. селекционный отдел Полевой опытной станции был реорганизован в самостоятельную селекционную станцию со своим госбюджетом и штатами. После смерти П.И. Лисицына 20 февраля 1948 г. она постановлением правительства СССР получила наименование «Селекционно-генетическая станция имени П.И. Лисицына». Имя П.И. Лисицына Селекционная станция МСХА носит и поныне.
Селекционная станция на протяжении всей своей истории была экспериментальной базой для выполнения кандидатских и дипломных работ аспирантами и студентами МСХА им. К.А. Тимирязева.
Заведующими Селекционной станцией МСХА им. К.А. Тимирязева, после ее восстановления в 1947 г., были: доцент А.А. Уколов (1948-1953), доцент М.П. Самсонов (1953-1954), проф. А.П. Горин (1954-1955), ст. науч. сотр. Г.В. Приезжев (1956-1964), ст. науч. сотр. П.П. Демкин (1964-1967), доцент А.Н. Березкин (1968-1990), ст. науч. сотр. К.Ф. Тукан (1990-1996), ст. науч. сотр. А.М. Малько (1996-2003), науч. сотр. О.В. Александров (2003-2004). Все они внесли достойный вклад в более чем столетнюю историю Селекционной станции им. П.И. Лисицына. С 2004 г. руководство Селекционной станцией им. П.И. Лисицына и Полевой опытной станцией осуществляет Е.В. Березовский.