При основании академии в 1865 г. была предусмотрена организация обсерватории и ежегодно выделялись средства на «физический кабинет и метеорологическую обсерваторию». Однако более 10 лет не удавалось начать наблюдения из-за несовершенства общего состояния метеорологических наблюдений и отсутствия лица, которое могло взять инициативу в свои руки. И лишь с 1 января 1879 г. начались регулярные метеорологические наблюдения, которые непрерывно продолжаются до настоящего времени. Инициатором, приложившим много сил в организации обсерватории, её первым директором (1879-1885), был профессор кафедры земледелия академии Анатолий Александрович Фадеев.
С самого начала работа обсерватории была согласована с официальными метеорологическими учреждениями России, что придает её архиву особую ценность. Так, все необходимые инструменты и инструкции (наставления) для производства наблюдений были получены от Главной физической обсерватории (г. Санкт-Петербург). Первоначально обсерватория располагалась в здании опытного поля академии, в 350 м севернее настоящего положения. В непосредственной близости от здания находилась и метеорологическая площадка. Наблюдения проводились по программе станции II разряда. Но уже в то время, помимо стандартных наблюдений за погодой (температура, влажность, осадки, ветер, облачность и т.д.), проводились дополнительные наблюдения: над солнечной радиацией, испарением, продолжительностью солнечного сияния, температурой почвы и др. А с 1900 г. началась обработка записей термографа.
До 1891 г. обсерваторией руководил профессор кафедры физики и метеорологии Роберт Андреевич Колли, а затем его ученик Николай Павлович Мышкин. Уже в этот период проявился особый интерес к актинометрическим наблюдениям и были построены первые оригинальные приборы для наблюдения за солнечной радиацией.
Новый, важнейший этап в истории обсерватории приходится на период с 1894 по 1927 гг., когда ею руководил Владимир Александрович Михельсон, выдающийся ученый-физик, имя которого обсерватории присвоено в 1927 г.
В 1895 г. при обсерватории была организована Средне-Русская сельскохозяйственная метеорологическая сеть, охватившей 10 губерний, организатором которой был В.А. Михельсон. В нее входили 161 метеорологическая станция и добровольцы – корреспонденты, а обсерватория стала научным центром этой сети. Ею же снабжалась приборами, в том числе простейшими, сконструированными В.А. Михельсоном: дождемерами, эвапорометрами (испарителями). Для более полного достижения целей была организована комиссия, которая разработала инструкции по метеорологическим и сельскохозяйственным наблюдениям. В нее вошли известные ученые – профессора В.Р. Вильямс и С.И. Ростовцев. Позднее к ее работе были привлечены Д.Н. Прянишников и Э.Е. Лейст. В 1898 г. из-за крайне скудных средств, выделяемых на содержание сети, были вынуждены передать её бюро ученого комитета департамента земледелия. Но наука и практика обогатилась положениями «О целях и методах сельскохозяйственных метеорологических наблюдений» В.А. Михельсона, которые не потеряли значения и в настоящее время.
С 1 января 1912 г. обсерватория перешла в новое здание, проект которого был разработан по заданию В.А. Михельсона. Здесь же отведен земельный участок площадью 1 га под метеорологическую площадку. Здание обсерватории является уникальным, нигде не повторяемым сооружением, хорошо приспособленным для метеорологических наблюдений и научных исследований. Для анемометрических и актинометрических наблюдений были построены вышка высотой 11 метров (26 метров над уровнем земли), а с южной стороны – открытая актинометрическая площадка над 2-м этажом здания.
После перехода обсерватории в новое помещение, отделения преподавания метеорологии от преподавания физики появилась возможность значительно расширить программу деятельности, ввести обработку самопишущих приборов, начать аэрологические наблюдения и организовать шире сельскохозяйственно-метеорологические исследования. В начале ХХ в. в обсерватории имелись приборы, применявшиеся в то время для метеорологических наблюдений не только в России, но практически во всем мире.
В обсерватории широко развернулась деятельность В.А. Михельсона в области актинометрии. Он испытал и усовершенствовал ряд пиргелиометров (приборы для измерения интенсивности прямой солнечной радиации), а затем сконструировал ряд актинометров (слюдяной, биметаллический, абсолютный универсальный). Пластинчатый актинометр Михельсона нашел широкое распространение не только на русских, но и заграничных метеорологических станциях. В обсерватории впервые в России начались регулярные наблюдения над солнечной радиацией .
В 1927 г. обсерватория была переведена в ведение Главного управления гидрометеорологической службы страны. Это был период реорганизации академии, когда она разделилась на целый ряд самостоятельных институтов. Важно то, что обсерватория в эти годы выполняла роль одной из метеорологических станций Москвы, сохранив непрерывность своих наблюдений.В 1933 г. была организована кафедра метеорологии, которую возглавил известный ученый-метеоролог Витольд Игнатьевич Виткевич. В 1934 г. обсерватория была возвращена в распоряжение академии. Большая заслуга в восстановлении и сохранении обсерватории принадлежит профессору В.И. Виткевичу, который был её директором до 1970 г.
В это время произошли некоторые преобразования, направленные на совершенствование наблюдений. Русские метеорологические будки заменены с 1 января 1935 г. будками международного образца, установлены заново актинографы (запись солнечной радиации), заложены термометры для измерения температуры почвы от 10 до 320 см. Около здания обсерватории установлен ряд будок для практических занятий со студентами. Профессор В.И. В.И. Виткевич конструирует ряд приборов, и они испытываются на площадке обсерватории. Большинство этих приборов предназначено для наблюдения на сельскохозяйственном поле. К ним относится люкслюмбограф, позволяющий агроному производить расчеты солнечной радиации, поступающей на поле. Известны защитки Виткевича, с помощью которых можно измерять температуру и влажность среди растений, походный термометр для измерения температуры в пахотном горизонте, сигнализатор заморозков и др. После многолетнего перерыва вновь стал выходить месячный и декадный бюллетень обсерватории.
В последние десятилетия прошедшего века обсерватория продолжала сохранять традиции славных предшественников на службе метеорологии. Неизменным оставался перечень стандартных наблюдений, выдвинувших её на первые позиции в летописи погоды Москвы. В эти годы директорами обсерватории работали специалисты, многие годы отдавшие метеорологии, Вера Николаевна Селезнева и Ия Павловна Зарубина. Сотрудниками обсерватории и кафедры метеорологии была проделана огромная работа по обобщению многолетних материалов наблюдений за 100 лет (1881-1980) и впервые представлены климатические нормы за столь продолжительный период для Москвы по основным метеорологическим величинам (температура, осадки, влажность воздуха, снежный покров, неблагоприятные для сельского хозяйства явления и др.). Научное руководство этой работы осуществляли Ю.И. Чирков и В.А. Сенников.
Метеорологическая информация во все годы наблюдений регулярно передавалась в учреждения гидрометеорологической службы страны, начиная с Главной физической обсерватории (г. Санкт-Петербург), затем в Центральный институт прогнозов (ЦИП), в Гидрометеорологический центр, Центральную высотную обсерваторию, Московский центр по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, а в настоящее время – в Гидрометеорологическое бюро Москвы и Московской области. Есть многолетние данные обсерватории и в Мировом центре данных (ВНИГМИ МЦД, г.Обнинск).
Метеорологический архив обсерватории, где за каждый день 126-летнего периода зафиксированы сведения о погоде, не имеет себе равных в Москве. Данные обсерватории позволяют судить о многолетнем режиме погоды, т.е. климате. Многочисленные справочники и монографии по климату Москвы, выпущенные в разные годы, содержат в качестве ведущей информацию обсерватории. Уникальный ряд наблюдений позволяет вести разработки об изменении и колебании климата.
Являясь составной частью Тимирязевской академии, обсерватория все годы успешно осуществляла одну из основных функций – обеспечение метеорологической информацией студентов, аспирантов, научных сотрудников, преподавателей, проводящих опыты в Москве и ближайшем Подмосковье. Для этих целей регулярно выпускается «Метеорологический бюллетень», составляются сводные таблицы данных о температуре, осадках, влажности и др. Круг потребителей информации чрезвычайно широк, охватывает многие организации и учреждения Москвы.
За последние годы материальная база обсерватории значительно улучшилась, обновились приборы и оборудование, произведена реконструкция метеорологической площадки, капитально отремонтировано здание и ему придан первоначальный облик. Здесь работают люди, беззаветно служащие метеорологической науке и достойно продолжающие лучшие традиции предыдущих поколений ученых.