Лаборатория агрономического почвоведения является преемницей лаборатории  почвенных  исследований,  которая была  организована в 1949 г. для выполнения анализов почв по договорам с экспедициями «Агролесопроект», проводившими детальные почвенные исследования в связи с принятым постановлением директивных органов о создании государственных полезащитных лесных насаждений для обеспечения высоких и устойчивых урожаев, защиты полей от водной и ветровой эрозии в степных и лесостепных районах Поволжья, Северного Кавказа и Центрально-Черноземных областях.

В первую очередь анализы выполнялись для экспедиций, в составе которых работали сотрудники кафедры почвоведения и почвенно-агрономического музея им. В.Р. Вильямса, а также для кафедр, опытных станций и учхозов академии. Особенно большой объем работы был выполнен в годы освоения целинных и залежных земель в северных областях Казахстана и других регионах страны в начале 50-х гг. прошлого столетия.
В последующий период анализы делались для экспедиций кафедры и музея академии, проводивших почвенно-ботанические обследования в Нечерноземной и других зонах страны с целью разработки мероприятий по повышению плодородия почв на основе проводимой в то время широкой химизации земледелия и мелиорации избыточно увлажненных земель для повышения урожайности с.-х. культур и создания высокопродуктивных кормовых угодий.
В лаборатории выполнялись анализы около 40 видов. За более чем тридцатилетний период почвоведы, химики-аналитики лаборатории – выпускники факультета агрохимии и почвоведения академии – выполнили несколько тысяч анализов почв и растений. Некоторые из них, не относящиеся к категории массовых, требовали высокой квалификации аналитиков, умевших работать на сложных приборах. Наличие качественных анализов позволило сотрудникам экспедиций на высоком уровне оформлять почвенно-картографические материалы и на основе их составлять рекомендации по повышению плодородия почв, качественной их оценке и рациональному использованию.
Научное руководство лабораторией осуществлялось заведующими кафедрой почвоведения: членом-корреспондентом Академии наук, академиком ВАСХНИЛ профессором В.П. Бушинским; профессорами И.П. Гречиным, И.С. Кауричевым, Н.П. Пановым. Заведовали лабораторией: А.Е. Шутый, Д.И. Попазов, А.А. Тарунтаева, А.П. Мершин, Г.И. Антонова, Л.М.Наумова, А.Н. Карпухин. В разное время в лаборатории работали: Г.П. Барыбина, Г.Д. Барышникова, З.И. Бахарева, Е.В. Бронштейн, В.М. Гуляева, А.Л. Зайцева, Л.А. Зубова, М.Я. Кацнельсон, О.С. Козлова, И.В. Корнеева, Р.С. Корнович, З.М. Кузина, О.Б. Локшина, Т.В. Лихвенцева, З.А. Панова, А.М. Поддубная, Л.И. Прудникова, Л.А. Прялухина, Л.Д. Редкозубова, К.М. Репина, И.В. Сердюкова, Т.Г. Талдыкина, Р.Г. Уманская, В.Д. Уланова.
Лаборатория агрономического почвоведения была организована при научно-исследовательской части академии в 1984 г. по предложению руководившего в то время кафедрой почвоведения профессора Н.П. Панова приказом ректора академии профессора М.И. Синюкова. Коллектив лаборатории состоял из пяти научных сотрудников и восьми научно-технических работников. Научное руководство лабораторией было возложено на заведующего кафедрой. В соответствии с общесоюзной научно-технической программой, принятой в то время, «Разработать и внедрить систему управления воспроизводством плодородия и охраной почв в интенсивном земледелии» сотрудники лаборатории в первые годы проводили научные исследования в учебно-опытном хозяйстве академии «Михайловское» по теме «Разработать и внедрить приемы оптимизации свойств и режимов дерново-подзолистых почв и их рационального использования». С 1991 г. под руководством Н.П. Панова продолжались также и ранее начатые исследования в Волгоградской и Саратовской областях, Ставропольском крае, Калмыцкой автономной республике и других регионах страны по теме «Разработать теоретические основы экологически безопасных технологий мелиорации солонцовых почв на основе изучения природы солонцового процесса и антропогенной эволюции солонцовых комплексов с учетом ландшафтных особенностей». Эти направления исследований являются традиционными, составляющими основную часть проблемы «Генезиса и плодородия почв», по которой велись исследования на кафедре почвоведения с самого её основания.
Почвы солонцовых комплексов, как известно, занимают в аридной зоне нашей страны большие площади. Значительная часть их используется экстенсивно. Ряд вопросов, касающихся генезиса и мелиорации солонцов, были недостаточно изучены. Имели место негативные последствия при использовании этих почв (вторичное засоление, загрязнение токсичными соединениями, содержащимися в фосфогипсе и др.). Все это вызвало необходимость изучения направленности мелиоративных процессов при применении различных по природе и составу химических мелиорантов, доз их внесения, способов обработки с целью установления мелиоративного эффекта с учетом экологических последствий. Настоятельно требовалась разработка новых технологий мелиорации солонцов и в первую очередь в условиях орошения с использованием нетрадиционных природных сорбентов – цеолитов для детоксикации токсичных элементов, содержащихся в мелиорантах. Эти исследования были завершены, результаты опубликованы в ряде центральных журналов и использованы при составлении методических указаний по мелиорации солонцовых почв, которые были одобрены ведущими специалистами, работающими по данной проблеме.
В исследованиях по упомянутым темам принимали участие сотрудники лаборатории: Л.М. Наумова, Л.П. Родионова, Б.В. Заболотнов, Г.Л. Хрипунова, С.Л. Сак, Г.Д. Барышникова, В.М. Гуляева, С.М. Полянская, Ю.С. Байкалова, В.С. Крутилина, Е.В. Трубицина, Л.И. Прудникова, И.В. Корягина, Л.В. Воронжева, Е.И. Шестаков, Н.А. Дорофеева, Л.В. Митина, Г.М. Калинина, Н.Б. Васина, Г.П. Барыбина. В исследованиях принимали участие и сотрудники кафедры: И.С. Кауричев, А.Д. Фокин, В.И.Савич, Н.Н. Игнатьев, Р.Ф. Байбеков, Н.А.Гончарова, В.П. Гущин, В.Г. Мамонтов, Н.Ф. Ганжара, М.В. Стратонович, аспиранты и студенты-дипломники.
С 1990 г. лабораторией заведует доцент В.Г. Мамонтов. Научное руководство с 1992 г. осуществляет заведующий кафедрой академик РАСХН профессор В.И. Кирюшин. Под его руководством в настоящее время в ряде хозяйств Владимирской, Воронежской, Тамбовской, Ленинградской и других областей и в учебном хозяйстве академии «Дружба» Ярославской области изучаются процессы трасформации почвенного покрова под влиянием антропогенных факторов с целью создания проектов адаптивно-ландшафтного земледелия в различных природных зонах (Н.Г. Савастру, М.В. Буланова, И.В. Слива, А.А. Гладков). В этих исследованиях принимают участие и сотрудники лаборатории: Л.П. Родионова, Ю.С. Байкалова, В.С. Крутилина, В.А. Кончиц, аспиранты, студенты-дипломники.